Naxçıvan qəzası Naxçıvan xanlığının ərazilərində təşkil olunmuşdu. Qəza  şimaldan Şərur-Dərələyəz qəzası, şərqdən Yelizavetpol quberniyasının Zəngəzur qəzası, cənubdan isə Qacar İranı ilə həmsərhəd idi.

Qəzanın inzibati mərkəzi Naxçıvan şəhəri idi.